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软件的文章

标准

软件文章应该描述一个可能具有广泛实用价值的工具,它代表了比以前发布的软件(通常通过与可用的相关软件进行直接比较来证明)的重大进步。

软件的可用性,评论者和其他研究人员
手稿中描述的软件应用程序/工具必须以匿名的方式供审阅者测试。如果发布,软件应用程序/工具必须免费提供给任何希望将其用于非商业目的的研究人员,不受如需要材料转让协议等限制。因为网络眨眼经常被打破,BMC肺药强烈建议将所有的软件应用程序/工具作为附加文件包含在提交的稿件中,以确保该软件将继续可用。

BMC肺药建议,但不要求,该软件的源代码应在适当的开源许可证下提供,该源许可证将有权进一步开发和扩展软件如果希望这样做。通常,将在提交的稿件中包含当前版本的软件版本的源代码的存档作为补充文件。由于该软件可能会继续在发布之后继续开发,因此稿件还应包括软件项目主页的链接。对于开源项目,我们建议作者使用识别的开源存储库主持其项目,例如bioinformatics.orgsourceforge.net

是否应该将网站的描述作为软件文章或数据库文章提交?
网站和网络工具的描述应该作为软件文章提交,如果意图是驱动网站的软件将提供给其他研究人员,以扩展和使用在其他网站上。另一方面,如果网站的功能与特定的数据库紧密相连,那么文章应该作为数据库文章提交。

准备你的手稿

下面的信息详细说明了你应该在你的手稿中包含的章节标题,以及每个章节中应该包含的信息。

请注意,您的稿件必须包含一个“声明”部分,包括所有副标题(请参阅下文获取更多信息)。

标题页

标题页应:

  • 提供一个标题,如果合适的话,包括研究设计,例如:
    • “A vs B在C治疗中:一项随机对照试验”,“X是Y的一个危险因素:一项病例对照研究”,“X因素对受试者Y的影响是什么:系统回顾”
    • 或用于非临床或非研究研究:文章报告的描述
  • 列出所有作者的全名和机构地址
    • 如某个合作小组应列为作者,请将该小组的名称列为作者。如果您希望通过各自的PubMed记录搜索到本集团成员的名字,请按照下面的说明将此信息包含在“致谢”部分
  • 注明通讯作者

抽象的

摘要不超过350字。请尽量减少使用缩略语,在摘要中不要引用参考文献。摘要必须包括以下单独的部分:

  • 背景:研究的背景和目的
  • 结果:主要研究结果
  • 结论:一个简短的总结和潜在的影响

关键字

三到十个关键词代表文章的主要内容。

背景

背景部分应该解释相关的上下文和所描述的软件要解决的具体问题。

执行

这应该包括对软件实现的总体架构的描述,以及任何关键问题的详细信息以及如何解决这些问题。

结果

这应包括研究的结果,适当时包括必须列入案文或作为表格和数字的统计分析结果。这个部分可以和软件文章的讨论部分结合起来。

讨论(如果合适的话)

应描述用户界面,并且应该包括软件的预期用途以及所设想的好处,以及关于其性能和功能如何与功能相似的现有软件上的性能和功能的数据。可以提出对软件使用的案例研究。应该提到计划未来的新功能的发展,如果有的话。

结论

这应该清楚地说明主要的结论,并解释报告的案件,数据,意见,数据库或软件的重要性和相关性。

可用性和需求

列表如下:

项目名称:例如我的生物信息学项目
项目主页:例如,http://sourceforge.net/projects/mged
操作系统):如平台无关的
编程语言:例如java.
其他需求:例如Java 1.3.1或更高版本,Tomcat 4.0或更高版本
许可:例如GNU GPL,FreeBSD等
非学术人士使用的任何限制:如许可证需要

缩略语表

如果在文本中使用了缩写,它们应该在第一次使用时在文本中定义,并且应该提供缩写的列表。

宣言

所有稿件必须在“声明”标题下包含以下部分:

  • 伦理批准并同意参与
  • 同意出版
  • 数据和材料的可用性
  • 相互竞争的利益
  • 资金
  • 作者的贡献
  • 确认
  • 作者的信息(可选)

有关要包含在这些部分中的信息,请参阅下文。

如果任何部分与你的手稿不相关,请包括标题,并写“不适用”的部分。

伦理批准并同意参与

稿件报告涉及人体参与者,人类数据或人类组织的研究必须:

  • 包括关于伦理批准和同意的声明(即使在无需批准的情况下)
  • 包括批准该研究的伦理委员会的名称和委员会的参考编号(如适用)

涉及动物的研究必须包括关于伦理批准和涉及客户所有动物的实验研究的陈述,提交人还必须包括关于客户或所有者知情同意的声明。

看我们编辑政策为更多的信息。

如果您的手稿没有报告或涉及任何动物或人体数据或组织的使用,请在此部分注明“不适用”。

同意出版

如果您的手稿包含任何个人的任何形式的数据(包括任何个人的细节,图像或视频),出版必须获得该个人的同意,如果是儿童,则是他们的父母或合法监护人。所有案例报告的陈述必须经同意才能发表。

您可以使用您的机构同意书或我们的同意书如果你喜欢。您不应在提交时将表格寄给我们,但我们可以要求在任何阶段(包括出版后)查看一份副本。

看我们编辑政策有关同意出版的更多资料。

如果您的手稿不包含任何个人的数据,请在这部分注明“不适用”。

数据和材料的可用性

所有手稿必须包括“数据和材料的可用性”声明。数据可用性声明应包括支持文章中报告的结果的数据在哪里可以找到的信息,如适用,包括研究期间分析或生成的公开存档数据集的超链接。我们所说的数据是指在解释、复制和构建本文报告的发现时所必需的最小数据集。我们认识到,公开共享研究数据并非总是可能的,例如在个人隐私可能受到损害的情况下,在这种情况下,仍应在手稿中说明数据的可用性以及任何访问条件。

数据可用性语句可以采用以下一种形式(如果需要多个数据集,也可以采用多种形式的组合):

  • 在当前研究中生成和/或分析的数据集可在[NAME]储存库[PERSISTENT WEB LINK TO datasets]中获得。
  • 本研究中使用和/或分析的数据集可在合理要求下从通讯作者处获得。
  • 本研究中产生或分析的所有数据均包含在本文[及其补充信息文件]中。
  • 在当前的研究中产生和/或分析的数据集由于[为什么数据不公开的原因]不能公开,但是在合理的要求下可以从通讯作者处获得。
  • 数据共享不适用于本文,因为在当前的研究中没有生成或分析数据集。
  • 支持本研究结果的数据可从[第三方名称]获得,但限制适用于这些数据的可用性,这些数据是根据当前研究的许可使用的,因此不公开。但是,数据在合理的请求和[第三方名称]的许可中获得的数据。
  • 不适用。如果您的手稿不包含任何数据,请在此部分注明“不适用”。

还有更多模板数据可用性语句的例子,其中包括公开可用和限制访问数据集的例子在这里

bob美式足球比分BOB体育下载网址生物医学中心还要求作者在论文手稿中引用任何可公开获得的数据,这些数据是论文结论所依赖的。数据引用应包括持久标识符(如DOI),理想情况下应包括在引用列表中。数据集的引用,当它们出现在参考列表中时,应该包括DataCite推荐的最小信息,并遵循期刊风格。包括DOIs在内的数据集标识符应该表示为完整的url。例如:


Hao Z,Aghakouchak A,Nakhjiri N,Farahmand A.全球综合干旱监测和预测系统(GIDMAPS)数据集。娇养。2014年。http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.853801.

数据和材料可得性声明中相应的文字:

在当前研究中生成和/或分析的数据集可以在[NAME]储存库[PERSISTENT WEB LINK TO datasets]中找到。(参考号)

如果您希望共同提交一份数据说明,说明您的数据将在BMC研究笔记,你可以访问我们的网站提交门户.数据指出支持打开数据帮助作者遵守资助者在数据共享方面的政策。共同发表的数据备注将与研究论文(例子)。

相互竞争的利益

所有财务上和非财务上的利益冲突必须在本节中申报。

看我们编辑政策对利益冲突的完整解释。如果您不确定您或您的合作者是否有竞争性的利益,请联系编辑部。

请使用作者姓名的首字母来表示每个作者在本部分的利益冲突。

如果您没有任何竞争利益,请在本节中注明“作者声明他们没有竞争利益”。

资金

报告研究的所有资助来源都应申报。资助机构在设计研究、收集、分析和解释数据以及撰写手稿方面的作用应该被声明。

作者的贡献

应在本节中规定作者对稿件的个人贡献。可以在我们的作者中找到作者的指导和标准编辑政策

请在本部分使用首字母表示每位作者的贡献,例如:“FC分析并解释了有关血液病和移植的患者数据。RH进行了肾脏的组织学检查,是手稿的主要贡献者。所有作者都阅读并批准了最终稿件。”

确认

请确认对文章贡献者谁不符合作者的标准,包括任何人谁提供专业的写作服务或材料。

作者应获得从致谢部分所述的所有这些承认承认的许可。

看我们编辑政策获取致谢和作者标准的完整说明。

如果您没有需要确认的人,请在这部分写上“不适用”。

集团作者(用于涉及协作组的手稿):如果您希望通过其单独的PubMed记录可搜索协作小组的个人成员的名称,请确保协作组的标题包含在标题页上和在提交系统中,还包括合作作者名称作为“确认”部分的最后一段。请在格式的名字,中间名姓名(可选),姓氏中添加作者。如果您愿意,您可以为每个作者添加机构或国家信息,但这应该是所有作者的一致。

请注意,在发布的文章最初包含在Pubmed中,个人名称可能不存在于PubMed记录中,因为它需要PubMed额外的时间来编码此信息。

作者的信息

本节是可选的。

你可以选择使用这个部分来包含作者的相关信息,这些信息可以帮助读者理解文章,理解作者的立场。这可能包括作者的资格,他们目前在机构或社团的职位,或任何其他相关背景信息的细节。请使用作者姓名的首字母。注意,本节不应用于描述任何相互竞争的利益。

脚注

脚注可以用来提供附加信息,其中可能包括参考文献列表中所包含的参考文献的引用。它们不应该只包含一个参考文献,而且它们永远不应该包括参考文献的详细内容。它们也不应包含任何数字或表格。

正文的脚注按顺序编号;这些表应该用上标小写字母表示(或者用星号表示显著值和其他统计数据)。文章标题或作者的脚注没有给出参考符号。

总是使用脚注而不是尾注。


参考

以下是温哥华参考风格的例子。

看我们编辑政策关于良好引用实践的作者指导

网页连结及网址:所有的网络链接和url,包括到作者自己网站的链接,应该给出参考编号,并包括在参考列表中,而不是在手稿的文本中。应提供完整的网址,包括网址名称和网址,以及访问该网址的日期,格式如下:小鼠肿瘤生物学数据库。http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do.2013年5月20日通过。如果一个作者或一组作者可以清楚地与一个网络链接相关联,比如对于weblog,那么他们应该被包括在参考中。

示例参考样式:

杂志中的文章

史密斯JJ。科学的世界。科学杂志1999;36:234-5。

期刊内的文章(无页码)

Rohrmann s,overvad K,Bueno-de-Mesquita Hb,Jakobsen Mu,Egeberg R,TjønnelandA等。肉类消费和死亡率 - 欧洲前瞻性调查对癌症和营养的影响。BMC医学。2013; 11:63。

由DOI杂志内的文章

Slifka MK, Whitton JL。细胞因子产生失调的临床意义。中华医学杂志2000;doi: 10.1007 / s801090000086。

期刊增刊内的文章

功能性脾:骨髓扫描显示脾活动。血1979;59补充1:26-32。

一本书中的章节,或者一篇文章

细胞死亡:细胞凋亡的意义。主演:伯恩·GH, Danielli JF, Jeon KW,编辑。国际细胞学评论。伦敦:学术;1980.p . 251 - 306。

系列丛书的第一章(没有卷标,但有DOI)

Saito Y,Hyuga H.速率方程途径扩增对映体过量和手性对称性分布。顶部Curch。2007. DOI:10.1007 / 128_2006_108。

完整的书,撰写

药房的症状:常见疾病的管理指南。牛津:Blackwell Science;1998.

在线文档

下级文件的标题。正确答案:物质及其作用词典。英国皇家化学学会,1999。下属文件http://www.rsc.org/dose/title。1999年1月15日通过

在线数据库

健康知识库。美国Pharmacopeia,Rockville。1998. http://www.healthwise.org。1998年9月21日获得。

补充材料/私人主页

补充材料的标题。2000.http://www.privatehomepage.com。2000年2月22日通过

大学现场

Doe, J:预印本标题。http://www.uni-heidelberg.de/mydata.html(1999)。1999年12月25日通过

FTP站点

普通HTTP, RFC2169。ftp://ftp.isi.edu/in-notes/rfc2169.txt (1999)。1999年11月12日通过

组织网站

Issn International Centre:ISSN寄存器。http://www.issn.org(2006)。2007年2月20日访问。

具有持久标识符的数据集

郑L-y,guo x-s,他b,sun l-j,peng y,dong s-s等人。来自甜味和谷物高粱(高粱双子石)的基因组数据。吉祥物数据库。2011年。http://dx.doi.org/10.5524/100012

图、表和其他文件

看到一般格式化指南有关如何格式化图形、表格和其他文件的信息。

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